Свободное ПО в ДВО РАН - ПО для науки

Материал из DvoWiki
Перейти к: навигация, поиск

ПО для науки

Sigmaplot, Origin - программы научной графики с похожими возможностями. Ниже я буду говорить о Sigmaplot, т.к. знаю его лучше.

Цена 700$ на systat.com, 25500 руб. на allsoft.ru.

sigmaplot.jpg

Мощная программа научной графики, умеет рисовать двумерные и трёхмерные графики, диаграммы и т.п. практически любой сложности, с произвольным количеством осей различных типов, разрывами по осям и т.д. Выполняет линейную и нелинейную аппроксимации, математические преобразования. Имеет для этого встроенный язык.

  • QtiPlot — интерфейс программы копирует Origin, довольно много возможностей для построения графиков, например "умеет рисовать двумерные и трёхмерные графики, диаграммы и т.п. практически любой сложности, с осями различных типов (до 4-х для 2D, 3-x для 3D), разрывами по осям и т.д. Выполняет линейную и нелинейную аппроксимации, математические преобразования. Поддерживает сценарии на языках muParser и python."
  • Упомянутый ниже nurmi gnuplot. 2D and 3D графика. Возможности очень богатые, demo gallery.
  • ePiX - набор утилит заточенный для подготовки графиков под LateX, см. примеры .
  • OpenDX IBM Data Explorer - 3D data visualization tool , довольно монстроидный продукт, IBM - что с них взять.
    OpenDX gallery: океанография
    OpenDX gallery: медицина
    OpenDX gallery:химия
    OpenDX gallery:гидродинамика
  • The Visualization ToolKit (VTK) еще монстр.
  • paraview.org ParaView is an open-source, multi-platform application designed to visualize data sets of size varying from small to very large. T
  • Grace - не пользуюсь, но судя по примерам возможности есть.
  • gwyddion modular program for SPM (scanning probe microscopy) data visualization and analysis.
  • LabPlot ну и еще много чего . --AleZ 20:00, 5 октября 2007 (VLAST)

GMT Generic Mapping Tools. Набор программ, заточенных под построение различных карт. Однако, может использоваться для построения обычных трёхмерных графиков, векторных полей, image map, contour map и прочего в том же духе. Минус - куча опций командной строки, среди которых сложно найти нужные. Впрочем, есть много примеров, от которых можно отталкиваться.

avoit

MATLAB - матрично-векторный научный вычислитель и средство моделирования.

Цена 79776 руб ( allsoft.ru )

Сюда же mathcad, цена 43000 руб. на allsoft.ru. (avoit)

octave :http://www.octave.org Очень подходит для пилотных версий программ обработки данных. Не такой монстр и всеобьемлющ, но прост в освоении и во многих случаях достаточен. Линейная алгебра базируется на LAPACK, есть встроенные статистические функции, некоторая доля целевых пакетов ( диффуравнения, оптимизация ) По части визуализации сотрудничает с gnuplot. Работает и под WINDOWS. По языку довольно совместим с MATLAB.

FreeMat — ещё один клон MATLAB. Имеет меньше функций, чем octave, встроенный графический интерфейс. Основной упор сделан на программную совместимость с MATLAB.

SciLab OpenSource "аналог" MATLAB, платформы - Linux,W32,HP-UX . Конечно, есть возможность генерить графику. см. например сюда --AleZ 19:53, 5 октября 2007 (VLAST)

nurmi

Chemoffice - пакет для химиков, рисует структурные формулы, трехмерные картинки молекул, оптимизирует геометрию, работает с химическими базами данных и т.п. Большинство сотрудников, насколько мне известно, используют его только для рисования. Стоит Professional 98000 руб. на allsoft.ru

ChemWin - бесплатный пакет, по отзывам довольно убогий, может кто-нибудь подскажет что-то получше.

Вот несколько ссылок на OpenSource, оценивать не возмусь (лучше, если это сделает химик, достаточно долго проработавший с оцениваемым пакетом)

  • GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.
  • Open Babel Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It's an open, collaborative project allowing anyone to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas.
  • Ghemical is computational chemistry package ...
  • Raster3D is a set of tools for generating high quality raster images of proteins or other molecules.
  • AutoDock AutoDock is a suite of automated docking tools. It is designed to predict how small molecules, such as substrates or drug candidates, bind to a receptor of known 3D structure.
  • Avogadro is an advanced molecular editor designed for cross-platform use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas.
  • Chemistry Development Kit the Chemistry Development Kit (CDK) is a Java library for bio- and chemoInformatics and computational chemistry. It is the basis of other projects like JChemPaint, Jmol, SENECA and NMRShiftDB.
  • Gabedit Gabedit is a Graphical User Interface for Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, PC Gamess and Q-Chem computational chemistry packages.
  • ...

--AleZ 15:45, 8 октября 2007 (VLAST)

--avoit 14:18, 8 октября 2007 (VLAST)

Библиографические пакеты Reference Manager 9700 руб., Procite, Endnote 6000 руб.

Бесплатных аналогов не знаю

Если глянуть на SourceForge SourceForge можно найти несколько оболочек для старого доброго BibTeX, и еще много всего. --AleZ 18:18, 8 октября 2007 (VLAST)

--avoit 14:18, 8 октября 2007 (VLAST)

Коммерческие пакеты?

OpenSource софт из раздела sci-biology дерева portage дистрибутива linux Gentoo:

  • EMBOSS The European Molecular Biology Open Software Suite - A sequence analysis package .
  • ncbi-tools Development toolkit and applications for computational biology from National Center for Biotechnology Information.
  • S2S Sequence to Structure: display, manipulate and interconnect RNA data from the sequence to the structure
    S2S reduced.png
    Ribosome S2S.jpg
  • aaindex AAindex is a database of numerical indices representing various physicochemical and biochemical properties of amino acids and pairs of amino acids.
  • AMAP Protein multiple alignment by sequence annealing .
  • ariadne is a package of two programs, ariadne and prospero, that compare protein sequences and profiles using the Smith-Waterman algorithm, and assesses statistical significance using a new accurate formula ...
  • bioperl Perl tools for bioinformatics - Analysis run modules . Библиотека на языке Perl, на которой построены многие утилиты, используемые в биоинформатике, см. BioPerl Users.
  • Biopython The Biopython Project is an international association of developers of freely available Python tools for computational molecular biology.
  • BioRuby - project aims to implement an integrated environment for Bioinformatics with Ruby language.
  • clustalw - general purpose multiple alignment program for DNA and proteins.
  • ClustalX - graphical interface for the ClustalW multiple alignment program.
  • cutg - Codon usage tables calculated from GenBank .
  • dialign-t an improved algorithm for segment-based multiple sequence alignment.
  • ELPH - Estimated Locations of Pattern Hits. ELPH is a general-purpose Gibbs sampler for finding motifs in a set of DNA or protein sequences.
  • Folding@home - help simulate protein folding at home.
  • generic-genome-browser - The generic genome browser provides a display of genomic annotations on interactive web pages.
  • hmmer. Profile hidden Markov models (profile HMMs) can be used to do sensitive database searching using statistical descriptions of a sequence family's consensus. HMMER is a freely distributable implementation of profile HMM software for protein sequence analysis.
  • MAFFT MAFFT is a multiple sequence alignment program for unix-like operating systems.
  • MEME/MAST system - Motif discovery and search .
  • MrBayes: Bayesian Inference of Phylogeny.
  • MUSCLE is public domain multiple alignment software for protein and nucleotide sequences. MUSCLE stands for multiple sequence comparison by log-expectation.
  • PHYLIP - The PHYLogeny Inference Package.
  • PhyML - A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.
  • POA - Fast multiple sequence alignments using partial-order graphs.
  • Primer3 is a widely used program for designing PCR primers (PCR = "Polymerase Chain Reaction").
  • PRINTS is a compendium of protein fingerprints. A fingerprint is a group of conserved motifs used to characterise a protein family; its diagnostic power is refined by iterative scanning of a SWISS-PROT/TrEMBL composite.
  • probcons Probabilistic Consistency-based Multiple Alignment of Amino Acid Sequences .
  • PROSITE consists of documentation entries describing protein domains, families and functional sites as well as associated patterns and profiles to identify them.
  • QRNA-a prototype noncoding RNA genefinder, based on comparative genome sequence analysis. По ссылке доступно еще некоторое количество открытых программ для биологов.
  • RNAView the program generates 2-dimensional displays of RNA/DNA secondary structures with tertiary interactions. RNAMLview RnamlView is a visualization tool that displays/edits 2-dimensional diagrams of RNA/DNA secondary structures with tertiary interactions created by RNAView (above). The application generates standard molecular representations (e.g. tRNA cloverleaf structures) or any structural representation desired by the user by rearranging various parts (e.g helices and single strands) of the RNAView 2D diagrams.
  • T-COFFEE is a multiple sequence alignment package. Given a set of sequences (Proteins or DNA), T-Coffee generates a multiple sequence alignment.
  • TRANSFAC is the database on eukaryotic transcription factors, their genomic binding sites and DNA-binding profiles.По ссылке доступны и другие базы: PathoDB is a database on pathologically relevant mutated forms of transcription factors and transcription factor binding sites; S/MARt DBTM collects information about scaffold/matrix attached regions and the nuclear matrix proteins that are supposed be involved in the interaction of these elements with the nuclear matrix; Cytomer is a relational database on "gene expression sources" which lists physiological systems,organs and cell types; TRANSCompel is a database on composite regulatory elements affecting gene transcription in eukaryotes;TRANSPATH is designed to provide information about the intracellular signal transduction pathways and offers molecular details of the signal flow from the cell surface into the nucleus; ...
  • Vienna RNA Package RNA Secondary Structure Prediction and Comparison.

--AleZ 12:08, 19 октября 2007 (VLAST)